Từ tập truyện thứ 78, Lê Linh đã dừng hẳn việc sáng tác bộ truyện tranh này. Phần kịch bản và cốt truyện hiện nay đều do công ty Phan Thị thực hiện. Tuy vậy hiện tại đang xảy ra tranh chấp giữa hai bên là Lê Linh và công ty Phan Thị về bản quyền của bộ truyện. Theo giấy chứng nhận bản quyền tác giả của Cục Bản quyền thì đã ghi nhận quyền tác giả thuộc về đồng tác giả là Lê Linh và bà Hạnh, quyền tài sản (các quyền khai thác, sử dụng tác phẩm...) thuộc về Công ty Phan Thị. Trong các tập truyện của mình, Phan Thị cũng khẳng định các nhân vật trong truyện là do cả công ty và Lê Linh sáng tạo nên: "Trong truyện có sử dụng những hình ảnh nhân vật do Lê Linh là đồng tác giả".[1]

Tháng 4 năm 2007, họa sĩ Lê Linh gửi đơn kiện công ty Phan Thị, yêu cầu công ty Phan Thị công nhận ông là tác giả duy nhất với các hình vẽ các nhân vật truyện tranh trong Thần đồng đất Việt chứ không phải là đồng tác giả với bà Phan Thị Mỹ Hạnh như trong hồ sơ đăng ký bản quyền mà phía Phan Thị đưa ra.

Đơn kiện này đồng thời yêu cầu công ty Phan Thị không tiếp tục sáng tác bộ truyện Thần đồng Đất Việt. Trong khi vụ kiện của họa sĩ Lê Linh với công ty Phan Thị chưa được giải quyết, thì phía Phan Thị kiện ngược lại họa sĩ Lê Linh đã dùng hình ảnh nhân vật Trạng Tý (theo Phan Thị nhân vật này thuộc quyền khai thác của họ) để tạo ra nhân vật Long Tinh trong truyện Long thánh.

Sau 12 năm kiên quyết, cố gắng theo đuổi vụ kiện, thay đổi qua 3 vị thẩm phán, với nhiều phiên hòa giải, tống đạt, những lần hòa giải bất thành. Vụ kiện về quyền tác giả Thần đồng đất Việt sẽ được phân xử tại phiên tòa vào ngày 28 tháng 12 năm 2018.[2]

Ngày 1 tháng 2 năm 2019, đại diện cơ quan công tố phát biểu quan điểm giải quyết vụ kiện tác quyền, Viện kiểm sát đánh giá thời gian quá lâu, ảnh hưởng quyền lợi của đương sự, vi phạm Điều 203 Bộ luật Tố tụng dân sự. Cơ quan công tố đề nghị TAND quận 1 rút kinh nghiệm. Qua xem xét đơn cụ thể thì Viện kiểm sát nhận thấy không có từ nào thể hiện ông Linh và bà Hạnh thừa nhận nhau là đồng tác giả cả. Bên cạnh đó, trước khi ông Linh vào làm tại Phan Thị, trên thị trường chưa hề có bất kỳ bộ truyện nào có 4 hình tượng như nhân vật Trạng Tí, Sửu Ẹo, Dần Béo, Cả Mẹo. Trong nhiều năm liền, trên bìa sách đều thể hiện ông Linh là tác giả của 4 nhân vật này. Khi chưa được sự đồng ý của ông Linh mà lại sáng tạo ra biến thể là xâm phạm đến quyền bảo vệ sự toàn vẹn tác phẩm của ông Linh. Việc ông Linh yêu cầu Phan Thị xin lỗi độc giả của Thần đồng đất Việt là không phù hợp vì độc giả không có yêu cầu này và ông Linh cũng không có quyền thay mặt những người này. Từ những phân tích trên, đại diện Viện kiểm sát đề nghị hội đồng xét xử công nhận Lê Linh là tác giả duy nhất của 4 hình tượng, xác nhận bà Hạnh không phải là đồng tác giả; buộc Phan Thị chấm dứt việc tạo ra 4 hình tượng nhân vật này trên các biến thể khác nhau; buộc Phan Thị phải xin lỗi ông Lê Linh trên 3 kỳ liên tiếp; buộc Phan Thị phải thanh toán chi phí 20 triệu đồng chi phí luật sư cho ông Lê Linh.[3]

Ngày 18 tháng 2 năm 2019, phiên sơ thẩm vụ tranh chấp quyền tác giả truyện tranh Thần đồng đất Việt diễn ra tại Tòa án Nhân dân quận 1, TP HCM. Hội đồng xét xử công nhận họa sĩ Lê Linh là tác giả duy nhất của bộ truyện Thần đồng đất Việt và bốn hình tượng nhân vật trong truyện là Trạng Tí, Sửu Ẹo, Dần Béo, Cả Mẹo.[4] Tuy nhiên Công ty Phan Thị đã kháng cáo ngay sau đó.[5]

Trong phiên tòa phúc thẩm ngày 3 tháng 9 năm 2019 Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên không chấp nhận kháng cáo của Công ty Phan Thị và bà Phan Thị Mỹ Hạnh, giữ nguyên bản án sơ thẩm, tuyên án họa sĩ Lê Linh là tác giả duy nhất của bốn hình tượng nhân vật: Trạng Tí, Sửu Ẹo, Dần Béo, Cả Mẹo[6]. HĐXX cũng buộc Công ty Phan Thị công khai xin lỗi ông Lê Linh trên báo Thanh Niên, báo Tuổi Trẻ trong 3 kỳ liên tiếp. Đồng thời, buộc Công ty Phan Thị thanh toán chi phí luật sư cho nguyên đơn.[7]